Aplik:Biologicke teorie organizovanosti: Rozdiel medzi revíziami

Zo stránky Mémológia
Prejsť na navigáciu Prejsť na vyhľadávanie
Bez shrnutí editace
Bez shrnutí editace
 
(23 medziľahlých úprav od rovnakého používateľa nie je zobrazených.)
Riadok 1: Riadok 1:
{{DISPLAYTITLE:Biologické teórie organizovanosti}}
{{DISPLAYTITLE:Zmena v biológii}}
== Podobné biologické koncepty „zmeny ako takej“ (stavové a organizačné rámce) ==
V klasickej biológii/biochemii sa zmeny zvyknú „kotviť“ do nositeľov (molekuly, gény, proteíny, organely). Abstraktná jednotka zmeny ako takej (niečo ako „kvantum“ reorganizácie) nie je štandardizovaná naprieč odbormi – existujú však celé teoretické rodiny, ktoré sa snažia formalizovať život primárne ako stavový/dynamický režim alebo organizáciu obmedzení (constraints), teda menej „z čoho je to spravené“ a viac „aký typ prebiehajúcej premeny sa udržiava“.
 
=== Čo presne hľadáte (a prečo je to v biológii „netypické“) ===
V klasickej biológii/biochemii sa zmeny zvyknú „kotviť“ do '''nositeľov''' (molekuly, gény, proteíny, organely). Abstraktná jednotka zmeny ako takej (niečo ako „kvantum“ reorganizácie) nie je štandardizovaná naprieč odbormi – existujú však teoretické rodiny, ktoré definujú živé primárne ako '''stavový/dynamický režim''' alebo ako '''organizáciu obmedzení (constraints)''', t. j. menej „z čoho je to spravené“ a viac „aký typ prebiehajúcej premeny sa udržiava“.


Nižšie sú rámce, ktoré sú najbližšie k tomuto typu otázky.
Nižšie sú rámce, ktoré sú najbližšie k tomuto typu otázky.


----
== Work-constraint cycles: Pokus o termodynamický výklad podstaty života ==
 
Stuart Kauffman v snahe o nájdenie spôsobu ako by sa dali vyjadriť základné princípy života vychádzal z uzavretého termodynamického cyklu{{B|8}} vykonávajúceho prácu. Organizmy sú chápané ako systémy zložené z mnohých takých cyklov, ktoré si vzájomne definujú obmedzenia (work-constraint cykles){{B|21}}. Hoci je zrejme táto snaha o vysvetlenie života nedostatočná, poukazuje na neustálu zmenu stavového priestoru entít. z ktorých sú organizmy zložené. Kauffman sa priamo nepokúša definovať niečo ako jednotku zmeny v štruktúre organizmu, samotné uzavreté termodynamické cykly nedávajú však zmysel, ak neustále neprebiehajú, ak nedisipujú energiu v prospech udržania vlastnej štruktúry. Cyklus je z povahy veci neustála zmena.
=== 1) Organizačná uzáverenosť (''closure of constraints'') ===
Organizmus je chápaný ako '''sieť vzájomne sa udržiavajúcich obmedzení''', ktoré kanálujú tok procesov tak, aby sa systém nerozpadol. Biologicky relevantná zmena je potom zmena v systéme obmedzení (napr. regulačné väzby, hranice, katalytické väzby), nie iba výmena materiálu.<ref name="MossioMoreno2010" />
 
----
 
=== 2) Autopoiesis ===
Živé je definované ako '''sieť procesov produkujúcich komponenty potrebné na udržanie tej istej siete'''. Zmena je tu chápaná ako kontinuálne sebavytváranie organizácie, nie ako statický stav látky.<ref name="MaturanaVarela1980" />
 
----
 
=== 3) Relačná biológia (Rosen) ===
Ťažisko sa presúva z komponentov na '''organizáciu vzťahov''' (formálne mapovania/entailmenty). Jednotkou analýzy je vzťahová štruktúra a jej transformácie, nie materiálny nosič.<ref name="Rosen1991" />
 
----
 
=== 4) Atraktory a stavové prechody ===
Fenotyp alebo bunkový stav je modelovaný ako '''atraktor dynamiky regulačnej siete'''. Zmena biologického významu je potom prechod medzi atraktormi (zmena stabilného režimu).<ref name="Huang2012" /><ref name="HuangErnbergKauffman2009" />
 
----
 
=== 5) Metabolické toky (flux) ===
==== 5.1 Metabolic Flux Analysis (MFA) ====
Fyziologický stav bunky je opísaný ako '''vektor tokov''' (flux distribution). Zmena je zmena rozloženia tokov v sieti.<ref name="deFalco2022" />
 
==== 5.2 Elementary Flux Modes (EFM) ====
Metabolická sieť sa rozkladá na '''minimálne funkčné režimy toku''', ktoré sú schopné niesť ustálený tok. Jednotkou je režim toku, nie molekula.<ref name="Trinh2009" /><ref name="Zanghellini2013" />
 
----
 
=== 6) Regulačná „gratuíta“ ===
Motív, že regulačný signál môže byť do istej miery arbitrárny vzhľadom na regulovanú funkciu; význam má účinok na tok/organizáciu, nie chemická podstata signálu.<ref name="Markos2016" />
 
----
 
=== 7) Disipatívne štruktúry ===
Živé systémy sú chápané ako otvorené nerovnovážne systémy stabilizujúce určité režimy tokov energie a hmoty; zmena môže byť prechod medzi režimami.<ref name="NicolisPrigogine1977" /><ref name="England2015" />
 
----
 
== Referencie (APA) ==
 
<references>
<ref name="MossioMoreno2010">
Mossio, M., & Moreno, A. (2010). Organisational closure in biological organisms. ''History and Philosophy of the Life Sciences, 32''(2–3), 269–288. https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/21162371/
</ref>
 
<ref name="MaturanaVarela1980">
Maturana, H. R., & Varela, F. J. (1980). ''Autopoiesis and Cognition: The Realization of the Living''. Dordrecht: D. Reidel. https://doi.org/10.1007/978-94-009-8947-4
</ref>
 
<ref name="Rosen1991">
Rosen, R. (1991). ''Life Itself: A Comprehensive Inquiry into the Nature, Origin, and Fabrication of Life''. New York, NY: Columbia University Press.
</ref>
 
<ref name="Huang2012">
Huang, S. (2012). The molecular and mathematical basis of Waddington's epigenetic landscape: A framework for post-Darwinian biology? ''BioEssays, 34''(2), 149–157. https://doi.org/10.1002/bies.201100031
</ref>
 
<ref name="HuangErnbergKauffman2009">
Huang, S., Ernberg, I., & Kauffman, S. (2009). Cancer attractors: A systems view of tumors from a gene network dynamics and developmental perspective. ''Seminars in Cell & Developmental Biology, 20''(7), 869–876. https://doi.org/10.1016/j.semcdb.2009.07.003
</ref>


<ref name="deFalco2022">
== Closure of constraints: „jednotkou“ je zmena režimu obmedzení ==
de Falco, B., Giannino, F., Carteni, F., Mazzoleni, S., & Kim, D.-H. (2022). Metabolic flux analysis: A comprehensive review on sample preparation, analytical techniques, data analysis, computational modelling, and main application areas. ''RSC Advances, 12''(39), 25528–25548. https://doi.org/10.1039/D2RA03326G
Na Kauffmanov koncept uzavretého pracovného cyklu naväzuje koncepcia closure of constraints<ref>Asi najvýstižnejší preklad ''uzávera obmedzení''.</ref>. Myšlienka vyjadruje pokus o formulovanie podstaty organizovanosti cez obmedzenia, ktorými sa vzájomne ohraničujú súčasne pôsobiace procesy v organizmoch.
</ref>


<ref name="Trinh2009">
<blockquote>
Trinh, C. T., Wlaschin, A., & Srienc, F. (2009). Elementary mode analysis: A useful metabolic pathway analysis tool for characterizing cellular metabolism. ''Applied Microbiology and Biotechnology, 81''(5), 813–826. https://doi.org/10.1007/s00253-008-1770-1
''In a general sense, constraints are additional boundary conditions that, by reducing the degrees of freedom of the relevant system (i.e., an inclined plane which reduces to two spatial dimensions the motion of a ball on it), simplify its description, and contribute to provide an adequate explanation of its behaviour, which would otherwise remain under determined. ''{{B|18}}
</ref>
</blockquote>Tento prístup nedefinuje organizmus ako súčet komponentov, ale ako sieť vzájomne sa udržiavajúcich obmedzení, ktoré kanalizujú tok procesov tak, aby sa systém nerozpadol. Zmena, ktorá je biologicky relevantná, je potom zmena v systéme obmedzení (napr. regulačné väzby, membránové hranice, katalytické štruktúry), nie len výmena „materiálu“. To je velmi blízke intuícii, že zmeny sú usmerňované tak, aby sa globálna organizácia nerozpadla{{B|18}} {{B|19}}. Živé systémy sa samoudržujú.


<ref name="Zanghellini2013">
<blockquote>
Zanghellini, J., & Ruckerbauer, D. E. (2013). Elementary flux modes in a nutshell: Properties, calculation and applications. ''Biotechnology Journal, 8''(9), 1009–1016. https://doi.org/10.1002/biot.201200269
''self-maintenance results from the action of local constraints''{{B|18}}
</ref>
</blockquote>Podľa autorov teórie sa samoudržovanie organizmov môže diať iba neustálým udržiavaním uzáver, ktorými sa všetky súčasne prebiehajúce procesy obmedzujú. Takto sa vytvára stálosť živého útvaru. Život je teda možný práve udžiavaním vzájomne podmienených zmien. To je v súlade s mémologickým chápaním metabolizmu. Samotná uzávera sa svojím konceptom blíži konceptu mému, ako jednotky organizačnej zmeny.


<ref name="Markos2016">
== Autopoiesis: „jednotkou“ je sebaprodukčný uzol procesov ==
Markoš, A. (2016). ''Evoluční tápání: Podoby planetárního životopisu''. Červený Kostelec: Pavel Mervart.
Teória autopoiesis chápe živé ako sieť procesov, ktoré produkujú komponenty potrebné na vlastnú reprodukciu siete a udržiavajú hranicu systému (typicky membránu). Zmena je tu chápaná ako nepretržité sebavytváranie – nie „stav látky“, ale organizácia procesu, ktorá sa udržiava cez výmenu komponentov.
</ref>


<ref name="NicolisPrigogine1977">
Ide o jednu z najčistejších tradícií, kde organizácia a proces majú prioritu pred „materiálnou podstatou“. Autori poukazujú na rozdiel medzi strojom, ktorý je udržovaný a zostavovaný zvonka a živým „strojom“, ktorý sa sám udržuje.
Nicolis, G., & Prigogine, I. (1977). ''Self-Organization in Nonequilibrium Systems: From Dissipative Structures to Order through Fluctuations''. New York, NY: Wiley.
<blockquote>
</ref>
''An autopoietic machine is a machine organized (defined as a unity) as a network of processes of production (transfonnation and destruction) of components that produces the components which: (i) through their interactions and transformations continuously regenerate and realize the network of processes (relations) that produced them; and (ii) constitute it (the machine) as a concrete unity in the space in which they (the components) exist by specifying the topological domain of its realization as such a network.''{{B|20}}
</blockquote>Autopoiesis, teda samovytváranie, je preto neustály proces zmien, ktoré sa sieťovo vzájomne udržujú. <blockquote>
''Since the relations of production of components are given only as processes, if the processes stop, the relations of production vanish; as a result,for a machine to be autopoietic, its defining relations of production must becontinuously regenerated by the components which they produce.''{{B|20}}
</blockquote>Aj v tomto koncepte je zmena elementom živosti. Rozdiel oproti mémológii je pochopiteľne v rozdeľovaní organizačných procesov na živé (samoudržované, autopoietické) a umelé, teda udržované človekom zvonka.


<ref name="England2015">
== Prečo biológia nepozná koncept mému ==
England, J. L. (2015). Dissipative adaptation in driven self-assembly. ''Nature Nanotechnology, 10''(11), 919–923. https://doi.org/10.1038/nnano.2015.250
Biológia má svoju históriu, ktorá sa dá charakterizovať neustálym objavovaním zložitosti organizmov. Od orgánov, pletív, cez bunky až po bunečné molekulárne strojčeky. Život sa javí takto ako emergencia pôsobenia čiastok a je dôležité chápať ako tie čiastky fungujú. Do popredia sa dostáva fyziológia. Obrovská rozmanitosť týchto „elementov“ života bráni vidieť niečo, ako hybnú silu, princíp za tým všetkým. V tom má mémológia jednoduchšiu pozíciu. V princípe je len jedno prepojenie v neuronálnej sieti, a to cez synaptickú štrbinu. Aj keď je existuje viacero typov neurónov, neurotransmiterov a modulátorov, tak ide stále iba o jednu kvalitu: prenos vzruchu cez neurón, teda zmena dráhy vzruchu v sieti.
</ref>
== Poznámky ==
</references>
<references />
== Väzba na teóriu ==
* [[Book:Metabolizmus|Metabolizmus]]

Aktuálna revízia z 17:00, 16. marec 2026

V klasickej biológii/biochemii sa zmeny zvyknú „kotviť“ do nositeľov (molekuly, gény, proteíny, organely). Abstraktná jednotka zmeny ako takej (niečo ako „kvantum“ reorganizácie) nie je štandardizovaná naprieč odbormi – existujú však celé teoretické rodiny, ktoré sa snažia formalizovať život primárne ako stavový/dynamický režim alebo organizáciu obmedzení (constraints), teda menej „z čoho je to spravené“ a viac „aký typ prebiehajúcej premeny sa udržiava“.

Nižšie sú rámce, ktoré sú najbližšie k tomuto typu otázky.

Work-constraint cycles: Pokus o termodynamický výklad podstaty života

Stuart Kauffman v snahe o nájdenie spôsobu ako by sa dali vyjadriť základné princípy života vychádzal z uzavretého termodynamického cyklu8 vykonávajúceho prácu. Organizmy sú chápané ako systémy zložené z mnohých takých cyklov, ktoré si vzájomne definujú obmedzenia (work-constraint cykles)21. Hoci je zrejme táto snaha o vysvetlenie života nedostatočná, poukazuje na neustálu zmenu stavového priestoru entít. z ktorých sú organizmy zložené. Kauffman sa priamo nepokúša definovať niečo ako jednotku zmeny v štruktúre organizmu, samotné uzavreté termodynamické cykly nedávajú však zmysel, ak neustále neprebiehajú, ak nedisipujú energiu v prospech udržania vlastnej štruktúry. Cyklus je z povahy veci neustála zmena.

Closure of constraints: „jednotkou“ je zmena režimu obmedzení

Na Kauffmanov koncept uzavretého pracovného cyklu naväzuje koncepcia closure of constraints[1]. Myšlienka vyjadruje pokus o formulovanie podstaty organizovanosti cez obmedzenia, ktorými sa vzájomne ohraničujú súčasne pôsobiace procesy v organizmoch.

In a general sense, constraints are additional boundary conditions that, by reducing the degrees of freedom of the relevant system (i.e., an inclined plane which reduces to two spatial dimensions the motion of a ball on it), simplify its description, and contribute to provide an adequate explanation of its behaviour, which would otherwise remain under determined. 18

Tento prístup nedefinuje organizmus ako súčet komponentov, ale ako sieť vzájomne sa udržiavajúcich obmedzení, ktoré kanalizujú tok procesov tak, aby sa systém nerozpadol. Zmena, ktorá je biologicky relevantná, je potom zmena v systéme obmedzení (napr. regulačné väzby, membránové hranice, katalytické štruktúry), nie len výmena „materiálu“. To je velmi blízke intuícii, že zmeny sú usmerňované tak, aby sa globálna organizácia nerozpadla18 19. Živé systémy sa samoudržujú.

self-maintenance results from the action of local constraints18

Podľa autorov teórie sa samoudržovanie organizmov môže diať iba neustálým udržiavaním uzáver, ktorými sa všetky súčasne prebiehajúce procesy obmedzujú. Takto sa vytvára stálosť živého útvaru. Život je teda možný práve udžiavaním vzájomne podmienených zmien. To je v súlade s mémologickým chápaním metabolizmu. Samotná uzávera sa svojím konceptom blíži konceptu mému, ako jednotky organizačnej zmeny.

Autopoiesis: „jednotkou“ je sebaprodukčný uzol procesov

Teória autopoiesis chápe živé ako sieť procesov, ktoré produkujú komponenty potrebné na vlastnú reprodukciu siete a udržiavajú hranicu systému (typicky membránu). Zmena je tu chápaná ako nepretržité sebavytváranie – nie „stav látky“, ale organizácia procesu, ktorá sa udržiava cez výmenu komponentov.

Ide o jednu z najčistejších tradícií, kde organizácia a proces majú prioritu pred „materiálnou podstatou“. Autori poukazujú na rozdiel medzi strojom, ktorý je udržovaný a zostavovaný zvonka a živým „strojom“, ktorý sa sám udržuje.

An autopoietic machine is a machine organized (defined as a unity) as a network of processes of production (transfonnation and destruction) of components that produces the components which: (i) through their interactions and transformations continuously regenerate and realize the network of processes (relations) that produced them; and (ii) constitute it (the machine) as a concrete unity in the space in which they (the components) exist by specifying the topological domain of its realization as such a network.20

Autopoiesis, teda samovytváranie, je preto neustály proces zmien, ktoré sa sieťovo vzájomne udržujú.

Since the relations of production of components are given only as processes, if the processes stop, the relations of production vanish; as a result,for a machine to be autopoietic, its defining relations of production must becontinuously regenerated by the components which they produce.20

Aj v tomto koncepte je zmena elementom živosti. Rozdiel oproti mémológii je pochopiteľne v rozdeľovaní organizačných procesov na živé (samoudržované, autopoietické) a umelé, teda udržované človekom zvonka.

Prečo biológia nepozná koncept mému

Biológia má svoju históriu, ktorá sa dá charakterizovať neustálym objavovaním zložitosti organizmov. Od orgánov, pletív, cez bunky až po bunečné molekulárne strojčeky. Život sa javí takto ako emergencia pôsobenia čiastok a je dôležité chápať ako tie čiastky fungujú. Do popredia sa dostáva fyziológia. Obrovská rozmanitosť týchto „elementov“ života bráni vidieť niečo, ako hybnú silu, princíp za tým všetkým. V tom má mémológia jednoduchšiu pozíciu. V princípe je len jedno prepojenie v neuronálnej sieti, a to cez synaptickú štrbinu. Aj keď je existuje viacero typov neurónov, neurotransmiterov a modulátorov, tak ide stále iba o jednu kvalitu: prenos vzruchu cez neurón, teda zmena dráhy vzruchu v sieti.

Poznámky

  1. Asi najvýstižnejší preklad uzávera obmedzení.

Väzba na teóriu